لاکپشت ها و شریدر بار دیگر به مبارزه یکدیگر میروند اما اینبار شریدر فرصتی میابد تا ارتشی از لاکپشت ها را بسازد...
نيويورک. «شردر» (سايتو)، استاد ياغي نينجا، بچه هاي ناراضي شهر را جمع کرده و با تشکيل گروهي به نام «فوت» مردم را غارت و تهديد مي کند. تا اين که موجودات مرموزي زن خبرنگاري به نام «اونيل» (هوگ) را که از مخالفان فعال اين جنايت هاست، از دست اوباش نجات مي دهند. اين موجودات، لاک پشت هاي نينجاي دگرگون شده ي نوجوان هستند...
پدر و نامادري دختر نوجواني به نام «سارا» (کانلي)، او را در خانه گذاشته اند تا از برادر نوزادش «توبي» (فراود) مراقبت کند. گروهي جن با استفاده از اين فرصت، «توبي» را مي ربايند، و سر دسته شان، «جارت» (بويي)، به «سارا» مي گويد که فقط سيزده ساعت فرصت دارد تا از هزار تويي که به شهر اجنه مي رسد، بگذرد اگر موفق نشود، برادرش هم جن خواهد شد.
بیگ برد توسط یک مددکار اجتماعی مزاحم به نام میس فینچ فرستاده می شود تا دور از خیابان سِسَم زندگی کند. او ناراضی از آنجا فرار می کند و بقیه باند خیابان سسامی را وادار می کند تا برای یافتن او به سفری بروند...
