انیمه معجونی دیوانه وار از کیمیاگران، انسانهای نامیرا، تبهکاران و یک اکسیر جاودانگی است که طی چند دهه روایت می شود...
داستان در شهر توکیو اتفاق می افتد، ده سال پیش در این شهربزرگ صنعتی دیواری به نام دروازه شیطان ظاهر می شود، دروازه ای که دارای هیچ دری نیست و بسیاری از مردم کشته می شوند و تغییرات زیادی به وجود می آید و همین موضوع باعث می شود انسان های فرابشری به نام Contractors (پیمانکارها) به وجود بیایند، آنها هیچ رحمی ندارند و کار آنها ترور و کشتن می باشد و...
در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.
یوییچی آیزاوا بعد از 7 سال به جایی برمیگرده که محو ترین خاطرات بچگی اش به اونجا بر میگرده. اون تقریبا چیزی از این مکان و اتفاقاتی که توش افتاده یادش نمیاد و یا اینکه خودش نمیخواد که به یاد بیاره اما دیدار دوباره با افرادی که زمانی اون رو میشناختن باعث میشه خاطراتش برگرده. هم خاطرات خوب و هم خاطراتی که یک عمر از اونها فرار کرده.
هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...
در 300 سال اینده ، بشریت توسط جنگل های ذی شعوری که خود بیدار کرده است، مورد حمله قرار گرفته است. پسر جوانی به نام آگیتو در داخل یک پناهگاه ممنوعه، ماشینی را پیدا می کند که ممکن است کلید نجات بشریت باشد...
کریشنا مورتی یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر سمت راست گذشته باشد، سمت چپ آینده است و میان این دو زمان حال او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.
یاماتو آکیتسوکی تنهایی به توکیو برای درس خواندن در مدرسه ای که تو محله ای قرار داره سفر می کنه. او با خاله خودش که یه حمام عمومی مختص زنان رو در یه محله اداره می کنه زندگی می کنه و همزمان زندگی مدرسه ای معمولش هم آغاز میشه. یه روز، بر حسب تصادف به دختری در مدرسه برخورد می کنه و بی درنگ مفتون زیبایی اش میشه. بعدا از اینکه پی می بره اون دختر، سوزوکا، در واقع در همسایگی اش داره زندگی می کنه شوکه میشه. از اون موقع زندگی یاماتو رفته رفته رنگ و رویی دیگه به خودش می گیره.
R. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشه اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و...
ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.
