دو سال پس از جنگ پارامونت، کلاه‌های حصیری در مجمع‌الجزایر سابائودی دوباره متحد می‌شوند. در همان زمان، دختری که سر به سر نامی است، سعی می کند قبل از اینکه گروه جزیره را ترک کنند، نامه ای از طرفداران به او بدهد.
زمانی که قهرمان افسانه‌ای با جسد خدای جسد روبه‌رو می‌شود، این یک رویارویی برای اعصار است، اما وقتی گرد و غبار فرو می‌نشیند، چیزی کاملاً درست نیست... در آخرین لحظات رویارویی حماسی آنها، آخرین شات گامبیت خدای جسد کاملاً غیرمنتظره بود. - جادوی تناسخ! در فضا و زمان، پسری به نام پولکا شینویاما احساسی را از خود بیدار می‌کند... نه کاملاً خودش... چه کسی می‌توانست انتظار داشته باشد که نبرد اوج بین خیر و شر به این شکل رقم بخورد؟
محوریت داستان هیروفومی ساتاکه خواهد بود.
در شهری از مردگان که مدتهاست ویران شده و به دور از تمدن بشری است، فرزند یک انسان زندگی می‌کند. نام او "ویل" است، و توسط سه روح، بزرگ شده است: جنگجوی اسکلتی پرشور، خون؛ کاهن مومیایی زیبا، مَری؛ و جادوگر شبح‌وار دمدمی‌مزاج ، گاس. این سه نفر به پسر عشق می‌ورزند و هر آنچه که می‌دانند را به او می‌آموزند. اما یک روز، ویل شروع به پرسیدن کرد: "من کیستم؟" ویل باید رمز و رازهای سرزمین دورافتاده‌ی مردگان را آشکار کند و گذشته‌ی مخفی ارواح را کشف کند. او باید عشق و رحمت خدایان خوب، و تعصب و دیوانگی بدها را بیاموزد. و وقتی همه چیز را بداند، پسر اولین قدم خود را در راه قهرمان (جوانمرد) شدن برمی‌دارد.
در آینده ای نسبتا نزدیک، یک تکنولوژی نوآورانه ظهور کرده است. در شبکه های اجتماعی، شایعات در مورد پدیده های عجیب و غریب که اصالت آن ناشناخته است، به عنوان "ارواح هولوگرام" شناخته می شود. هیرو آمانوکاوا یک دانش آموز که تازه به دبیرستان آکادمی هیزاکورا رفته، یک دستگاه مرموز که توسط پدرش به نام (دیجیوایس) باقی مانده را فعال میکنه. با فعال کردن اون دستگاه حالا هیرو قادر به دیدن موجودات ناشناخته به نام دیجیمون میشه که توسط افراد عادی قابل دیدن نیستند.
داستان این انیمیشن در سال‌ها پیش جریان دارد. جایی که قهرمانی به یک دهکده وارد شده و همراه با خود، بدختی و سختی را نیز برای ساکنین آن به ارمغان می‌آورد. او همراه با خود، یک گنجینه را آورده بود که قدرت زیادی را به‌همراه داشت، اما دروغ‌هایی که از جانب همراهیانش به وی گفته شده بود، کم کم مشکلاتی را برای وی در این دهکده ایجاد کرد. نیروهای بیگانه از فضا به زمین آمده‌اند و قرار است که همراهشان تاریکی را به همراه داشته باشند. تنها این قهرمان و همراهانش هستند که می‌توانند در برابر آنها ایستادگی کنند.
درحالی که نیمه‌شب مشغول قدم‌زنی بود صدایی اسرارآمیز توجه او را به خود جلب می‌کند و به سوی صدا روانه می‌شود. «آی اوتو»، دختری 14 ساله با دنبال کردنِ صدا یه تخم‌مرغ پیدا میکنه. صدای موردنظر با لفظی مجاب‌کننده خطاب به «آی» می‌گوید: «اگر خواهان تغییر آینده هستی، فقط کافیه همین الان تصمیم بگیری. حالا، به خودت باور داشته باش و اون تخم‌مرغ رو بشکن.»
گروه کازوما با نامه‌ای از یونیون مواجه می‌شوند که از آنها درخواست می‌کند به روستای قبیله شیطان‌های سرخ بروند. این روستا با تهدیدی روبرو است که ممکن است به نابودی آن منجر شود.
داستان در اواسط دوره موروماچی، دهه 1470 بعد از جنگ اونین و بونمی شروع میشه. داستان در نوتو پنینسولای خیابان هوکوریکو شروع میشه. شخصیت اصلی (هیاکیمارو) که 48 بخش بدنش رو نداره یه بدن مصنوعی میگیره که 48 هیولایی که بدنش رو گرفتن رو نابود کنه.
درباره ی یک سرباز زن جوان به نام دیونان و شریک سایبورگ او هست که پس زنده ماندن از جنگ جهانی سوم آخرالزمانی نیویورک در جستجوی امید آینده ی بشریت هستن...
