جزیره ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه ای کوچک بالای صخره ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می کند که آرزو دارد انسان بشود.
به دنبال جنگ جهانی دوم، یک پروفسور بازنشسته که به روزهای انتهایی زندگی خود نزدیک می شود زندگی خود را در توکیوی جنگ زده دچار تغییر می بیند. او که ناامیدی اش را انکار می کند به نویسندگی روی آورده و تولدش را به همراه دانشجویانش جشن می گیرد...