این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
کشورهای متحد سلاحی نهایی را برای مقابله با گودزیلا می سازند، در همین حین دانشمندان تخمی عظیم الجثه در یکی از جزایر ژاپن پیدا می کنند و...
در میان ویرانگری های گودزیلا، اینبار "موثرا" از راه می رسد تا نسل بشر را نجات دهد...
